清朝末年政局腐败，社会民不聊生，慈禧太后与一群愚昧无知的权贵大臣不但毫无抵御外国列强侵占，以及保护人民的能力，反而迷信以吞符念咒，自称无坚不摧的“义和团”可以抵御洋人，决意向列强宣战。结果导致八国联军攻陷北京，慈禧太后仓惶逃难；人民这才醒悟到，只有孙中山先生领导的革命运动，才是挽救中国的唯一希望。

《庚子风云》讲述的是公元1900年及中国历庚子年，八国联军攻占北京，并占领紫禁城，皇太后慈禧为避祸携光绪帝、大阿哥等人仓惶逃离皇宫，来到西安，最后又安全回宫的故事。慈禧太后临行前，由于政治立场不同的仇恨，将光绪皇帝深爱的妃子珍妃推入井中杀害。而当太后历尽千难万险来到古都西安时，却发现当地戏班的花魁白牡丹竟和珍妃长得一模一样！而这位本名斯琴的白牡丹却与在慈禧太后等人逃难至西安这条西行路上，给予了他们莫大帮助的一位从欧洲留洋五年回国的爱国青年陈然有着夙世姻缘，同时她也和陕西巡抚韩雨轩同样有着千丝万缕的关系。

该剧以清末北京和京东八县为背景,以一位从清宫逃生的、曾被慈禧太后在手心亲笔书写“花”字的真实人物为题材,描述了清末年间活跃在京畿的“叫花子”组织——丐帮的兴盛衰亡的故事。清光绪三年(公元1876年)十月初十，慈禧太后正值四十岁生日，她从煤山赏完菊花后回宫，走到大内西二长街突然听到孩子哭。慈禧命人将孩子搜出，原来这孩子是慈禧最喜欢的奶妈于妈的孩子纪海子。慈禧随口说道："我说哪儿来个小叫花子呢！"随后在太监李莲英的怂恿下，慈禧在孩子的左手心书了一个"花&a